Les débats de société autour du projet Grande Baleine, une installation de 3 000 MW proposée par Hydro-Québec pour la Grande rivière de la Baleine, en bordure des territoires cris et inuits du nord du Québec, ont en quelque sorte ouvert la voie à la création du Centre Hélios. Au début des années 1990, le directeur exécutif Philip Raphals a agi en tant que coordinateur scientifique adjoint de l'organisme créé pour réaliser une évaluation environnementale conjointe de ce projet. L'équipe pluridisciplinaire dirigée par le Dr Michel Bouchard a élaboré une feuille de route transversale unique (les "lignes directrices") pour l'évaluation. Le projet a été retiré par le gouvernement après que la société d'État n'a pas fourni les informations requises par les groupes d'experts.